Présentation du projet EpiCURe
Le projet EpiCURe (pour Eco-Epidemiology of Animal and Human Pathogens Comprehensive and Utilitary Resources) qui s’inscrit dans le cadre du développement de la nouvelle formation en éco-épidémiologie de l’Université de Montpellier, est à la fois un outils pédagogique innovant et une ressource scientifique sur les maladies humaines et zoonotiques à destination des spécialistes et du grand publique.
Développée grâce à un financement de l’I-Site MUSE, EpiCURe consiste en la mise en œuvre d’une plateforme de collections de données établie par les promotions successives d’étudiants de la mention Eco-EPI. Cette plateforme sera couplée à un ensemble de services web permettant d’exploiter les données stockées. Cette plateforme valorisera des connaissance validées acquises et synthétisées selon une démarche coopérative.
Une démarche scientifique
Le projet s’articule autour du cœur de connaissances et de la culture commune du domaine de l’Eco-épidémiologie des agents pathogènes, incluant des aspects méthodologiques spécifiques aux maladies transmissibles (principalement humaines et zoonotiques). Toutes les données sont issues de la littérature scientifique ainsi que des sources gouvernementales ou supra-gouvernementales validées (OMS, OIE etc.). La terminologie spécifique identifiée permettra de construire le catalogue de métadonnées (c’est-à-dire de décrire les données recueillies).
Plus en détail, la collection sera centrée autour de chaque agent pathogène d’intérêt en santé publique et vétérinaire, et sera structurée selon 4 grands axes, auxquels s’ajoutera le référencement bibliographique :
- Un corpus de données biologiques, au sens large, incluant des éléments de taxonomie, biologie des organismes, écologie parasitaire (cycle parasitaire naturel, spécificité (éventail d’hôtes connus dont les vecteurs s’ils existent ) dans le cycle naturel, place de l’hôte humain dans le cycle (hôte obligatoire, hôte d’une zoonose …), place de l’animal domestique, existence d’un cycle domestique…), biogéographie (répartition mais aussi zones d’introductions récentes si pertinent), génomique, diversité génétique et évolution. Ces données serviront à construire la carte d’identité de référence de chaque agent pathogène.
- les données épidémiologiques descriptives disponibles, à savoir, à toutes les échelles géographiques (régionale, nationale, locale ou ponctuelle GPS), environnementales (écosystème, climat et /ou territorial- urbain, périurbain, rural, sylvatique -) et temporelles caractère épidémique et/ ou endémique, le nombre de cas diagnostiqués ainsi que tous paramètres associés (H0, létalité, stratification dans la population en fonction de l’âge, du sexe, de l’activité etc.).
- Les données du ou des contextes socio-économiques impliqué(s) dans l’épidémiologie décrite : pratiques et usages culturels, filières, échanges marchands…
- les données de diagnostic, de prophylaxie ou de gestion disponibles : symptômes, identification de l’agent pathogène, traitement, vaccins, mesures de surveillance ou de contrôle (avec les exemples fonctionnels ou d’échecs si disponibles) impliqués dans la dynamique épidémiologique.
A cet éventails d’informations, est corrélée une base bibliographique complète permettant de relier chaque information à sa source.
